Khi giữ chức Đại Thống lĩnh thủy quân ở Phú Xuân, Đặng Văn Chân có nuôi dưỡng công tử thứ 16 của Vũ vương Nguyễn Phúc Khoát là vương tử Tôn Thất Thăng, tức là chú của Nguyễn Phúc Ánh. Đặng Văn Chân muốn gã con gái mình cho Tôn Thất Thăng, theo chính sách của Tây Sơn muốn chiêu dùng những thân tộc của triều đại cũ. Tuy nhiên Tôn Thất Thăng đã lập kế, trốn vào nam theo Nguyễn Phúc Ánh.